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１．対象地域
（１）都道府県から合併重点支援地域に指定された市町村
（２）平成17年3月までに合併した市町村
２．主な財政支援措置
（１）合併前
○ 合併準備経費に対する財政措置
合併協議会への負担金、合併に向けての啓発事業等の合併準備経費について、合併関係市町村へ特別交付税措置を講ずる。
○ 合併移行経費に対する財政措置
合併関係市町村が速やかな一体性の確立を図るため、合併前に要する電算システム統一等の経費について、合併関係市町村へ特別交付税措置を講ずる。
○ 合併特例事業（市町村合併推進事業（合併前の市町村事業））
合併重点支援地域において、合併に関係する複数の市町（一部事務組合及び広域連合を含む。）が連絡調整して一体的に実施する次に掲げる事業に要する経費に対して合併推進債を充当（90％）し、元利償還金の50％を普通交付税で措置する。
| ア 公共施設の整備のために行われる単独事業 イ 市町村合併支援道路整備計画＜市町村道分＞に位置づけられた市町村道の整備のために行われる補助事業 ウ 市町村合併支援地域公共ネットワーク整備計画に位置づけられた地域公共ネットワークの整備のために行われる補助事業 エ 合併期日までに整備することが、法令上又は行政の中枢的な機能を果たす上で必要不可欠な公用施設の整備のために行われる事業（合併協議会構成市町における整備事業に限る。） |
○合併準備補助金
平成１１年度以降に設けられた合併特例法第３条第１項の合併協議会を構成する市町村に対して、市町村建設計画の作成及びその準備等に要する経費のうち500万円を限度に1回限り補助金を交付する。
（２）合併後
○ 普通交付税の算定の特例（合併算定替）
合併年度及びこれに続く10ヵ年度は合併しなかった場合の普通交付税額を全額保障し、その後５ヵ年度は激変緩和措置を講ずる。
○ 合併直後の臨時的経費に対する財政措置
行政の一本化に要する経費や行政水準・住民負担水準の格差是正に要する経費を５年度間にわたり均等に、普通交付税で措置する。
算式
○ 合併特例事業（市町村合併特例事業（合併後の市町村事業））
ア 合併市町村まちづくりのための建設事業に対する財政措置
合併年度及びこれに続く10ヵ年度は、市町村建設計画に基づく特に必要な事業の経費に合併特例債を充当（95％）し、元利償還金の70％を普通交付税で措置する。
（標準全体事業費の算式）
イ 合併市町村振興のための基金造成に対する財政措置
旧市町村間の地域振興・住民の一体感醸成のために行う基金造成に対し市町村振興のための基金造成に対し合併特例債を充当（95％）し、元利償還金の70％を普通交付税で措置する。
（標準基金規模の算式）
（３億円×合併関係市町村数）＋（１万円×増加人口）＋（５干円×合併後人口）
（市町村数均等割） （増加人口割） （合併後人口割）
ただし、合併市町村振興基金の積立てに際し、その必要がある場合には、算式により算出される標準基金規模の概ね５割増まで積立てを行うことができるが、いずれの場合においても、４０億円が合併市町村振興基金の上限とされている。
ウ 公営企業に係る財政措置
合併市町村における地方公営企業のうち上水道事業、下水道事業及び病院事業について、合併に伴う増嵩経費のうち特に必要と認められる経費に対する一般会計からの出資及び補助に要する経費に対して合併特例債を充当（100％）し、元利償還金の70％を普通交付税で措置する。
○ 新たなまちづくり等への財政措置（市町村合併に対する特別交付税措置）
合併年度又はその翌年度から３ヶ年にわたり、新たなまちづくり、公共料金格差是正、公債費負担格差是正、土地開発公社の経営健全化等の合併後の需要に対して包括的な特別交付税措置を講じる。
・算式
（４億円＋４千円×増加人口）×補正係数
［１年目：この５割を支給、２年目：この３割を支給、３年目：この２割を支給］
増加人口：合併後の人口−旧市町村のうち人口が最大の旧市、旧町又は旧村の一つの人口（最近の国勢調査のデータを使用する。）
補正係数：
○合併支援のための公債費負担の平準化措置
合併市町村における旧市町村間の公債費負担の平準化を図るために行う地方債の繰上償還に伴う補償金（貸し手の得べかりし利子収入）の支払に対して、特別交付税措置を講じる。
○ 合併市町村補助金
平成１７年３月３１日までに合併した市町村に対して、合併年度及びこれに続く２ヵ年度に合併市町村が市町村建設計画に基づいて行う次の事業（国が別途定める国庫負担（補助）制度により、現に経費の一部を負担し、又は補助している事業は除く。）に要する経費を補助する。
ア 合併市町村において統一的に業務を遂行する上で必要となり、かつ、合併市町村の行政運営の合理化又は効率化に資する事業
イ 住民への行政サービスの水準の確保、強化に資する事業
ウ 公共施設相互間の連携の強化に関する事業
エ 合併市町村の区域内における人的・物的交流の促進を図るために必要な事業
オ 合併市町村の一体性の速やかな確立を図るために必要な事業
カ その他総務大臣が必要と認める事業
補助金額：
次の表に基づいて算出される合併関係市町村ごとの額の合算額／１年度当たり
